Diantaranya ulama dan habaib yang mengkritisi film The Santri adalah Ust Abdul Somad, Ust Adi Hidayat, Habib Taufiq Assegaf, Gus Najih Maemun, Habib Abubakar Assegaf, Buya Yahya, Habib Hanif dan masih banyak lainnya.
Berkaitan dengan kritikan ulama dan habaib terhadap film The Santri tiba-tiba beredar sebuah meme yang disebarkan oleh sejumlah akun media sosial milik NU yang membalas dan menghina kepada Habib Hanif Bin Abdurahman Alathos serta Habib Rizieq Syihab.
Dalam meme yang profokatif tersebut secara jelas si-pembuat telah melakukan penghinaan terhadap Habib Hanif Alathos dan Habib Rizieq Syihab. Penghinaan pertama meme tersebut menyebut Habib Hanif serta Habib Rizieq Syihab tanpa menyebut "Habib" (hanya menyebut nama). Penghinaan kedua meme tersebut menyebut Habib Hanif sebagai "Komandan Demo". Penghinaan ketiga meme tersebut mempertanyakan kapasitas dan menuding Habib Hanif sebagai aktor pemboikotan film The Santri.
Berikut tanggapan Habib Bahar bin Ali Smith terkait meme NU yang melecehkan Habib Hanif Bin Abdurrahman Alathos :
(Statment NU tentang beliau Habib Hanif Al Athos sangat menyakiti hati para kaum santri, karena beliau adalah ketua Front Santri Indonesia (FSI), maka wajib bagi beliau memberikan teguran tentang sesuatu yang berkaitan dengan santri tetapi sesuatu itu melenceng dari jalan ASWAJA (Ahlussunah Wal Jamaah).
Habib Bahar bin Ali Smith menambahkan : PBNU Berkata kalau Habib Hanif "DIA BUKAN SIAPA-SIAPA" Saya jawab : BELIAU ADALAH SEORANG CUCU YANG MEWARISI KEILMUAN KAKEK NYA YAITU RASULULLAH SAW, YANG MENYAMPAIKAN KEBENARAN DAN MELAWAN KEBATILAN.
Dan kalau PBNU tidak terima, boleh MUJADALAH (adu argumen) dengan kami para Habaib. NU Jangan main-main api dengan kami. Sanad ilmu kalian bersambung kepada kakek kami. Dan itu bukan kami membanggakan garis keturunan, karena memang kebenaran nya seperti itu. Saya juga akan membikin statment tentang film The Santri. Tegas Habib Bahar bin Ali Smith menanggapi meme yang disebarkan oleh Nahdliyin Online.