Ia menganggap pemimpin Arab Saudi yang beraliran Wahabi memiliki keinginan merusak situs Islam sejak dulu. "Pemindahan itu sama saja dengan merusak situs Islam," kata Habib Muchsin Alatas Kamis, 4 September 2014. "Pemindahan makam Nabi bisa membuat Umat Islam ahistoris tentang kebudayaannya."
Habib Muchsin Alatas menganggap Wahabi ketakukan tempat monumental umat Islam terlalu dikultuskan dan membuat penganutnya berbuat syirik. "Tapi itu persepsi Wahabi saja," kata Habib Muchsin Alatas. Harusnya, pemerintah Saudi toleran terhadap aliran pemikiran Islam lain yang tak mempermasalahkan adanya makam Nabi.
Sebelumnya, bocornya dokumen yang ditulis akademikus Arab Saudi mengenai usulan pemindahan makam Nabi Muhammad menjadi perbincangan publik. Laporan di harian The Independent berjudul Saudi Menghadapi Risiko Perpecahan Baru dengan Usulan Memindahkan Makam Nabi Muhammad itu mengutip usulan dalam dokumen oleh seorang akademikus yang beredar di antara para pengawas Masjid Nabawi.
Dalam laporan setebal 61 halaman tersebut dijelaskan bahwa makam, termasuk kerangka jenazah Nabi Muhammad, yang kini berada di Kubah Hijau Masjid Nabawi di Madinah akan dipindahkan ke pemakaman Al-Baqi dengan nisan tak bernama, yang letaknya tak jauh dari Masjid Nabawi.
Makam Nabi Muhammad merupakan tempat suci bagi umat Islam. Setiap hari, banyak jemaah yang berdoa di sana. Saat musim haji tiba, peziarah akan membeludak untuk mengunjungi makam Nabi Muhammad yang berjejeran dengan makam Abu Bakar Ash-Shiddiq dan Umar bin Khathab.