Letak pondok pesantren itu jauh berada di pedalaman, diantara perkebunan kelapa sawit, tepatnya di wilayah Simpang Lombok, Kabupaten Tanah Pasir, Kalimantan Timur.
Perjalanan menuju ke daerah ini membutuhkan waktu sekitar 4 jam dari bandara Sepinggan Balikpapan. Perjalanan ditempuh dengan mobil dan sebagian dengan speedboat, karena harus menyebrang laut.
Sebelumnya di wilayah ini sudah didirikan TPQ (Taman Pendidikan Qur'an) namun karena banyaknya permintaan masyarakat yang ingin agar anaknya memperdalam ilmu agama, dan juga pertimbangan dakwah lainnya, maka dibangunlah pondok pesantren ini dengan segenap daya yang ada.
Pondok pesantren ini akan dinamai dengan nama Ponpes Habibil Mustofa. Mengambil berkah dari gelar nama Rasulullah Saw.
Ustad Abdullah Md, selaku pengasuh mengatakan "Alhamdulillah, Imam Besar bersedia meluangkan waktunya meresmikan pembangunan, walaupun jadwal dakwah beliau sangat padat dan melelahkan. Mudah-mudahan membawa berkah yang berlimpah."
